გაიხსნა 1817 წელს, ახლანდელი ხელოვნების მუზეუმის შენობაში. შედგებოდა რიტორიკის ორი კლასისაგან; 1823 წელს მიემატა ფილოსოფია, ხოლო 1827 - ღვთისმეტყველების კლასები. რიტორიკის კლასებში სწავლობდნენ რუსულ ენასა და ლიტერატურას, რუსეთის და მსოფლიო ისტორიას, რიტორიკას; ფილოსოფიის კლასში - ფილოსოფიას, ლოგიკას, მათემატიკას, ფიზიკასა და ბუნებისმეტყველებას; ღვთისმეტყველების კლასში - ეკლესიის ისტორიას, ძველ სლავურ ენას. სწავლების ექვსივე წელს სწავლობდნენ ლათინურ,&ნბსპ; ბერძნულ, გერმანულ, ფრანგულ ენებსა და პედაგოგიკას. კურსდამტავრებულებს შეეძლოთ ემუშავათ სოფლის სამრევლო და საერო სკოლების მასწავლებლად ან გაეგრძელებინათ სწავლა სასულიერო აკადემიასა და უნივერსიტეტში. თბილისის სასულიერო სემინარიაში სხვადასხვა დროს სწავლობდნენ პ. იოსელიანი, გაბრიელ ქიქოძე, დ. ბაქრაძე, ვ. პეტრიაშვილი, თ. ჟორდანია, ი. გოგებაშვილი, დ. ჭონქაძე, ლ. არდაზიანი, ს. მგალობლიშვილი, მ. ჯანაშვილი და სხვა.სემინარიაში სულისშემხუთავი, იეზუიტური რეჟიმი იყო დამკვიდრებული. ურთიერთდასმენა, ჯაშუშობა, დასჯის დამამცირებელი მეთოდები მოსწავლე ახალგაზრდობას არსებული წყობილების წინააღმდეგ განაწყობდა.

1886 წელს მოსწავლე ი. ლაღიაშვილმა ხანჯლით განგმირა რეაქციონერი რექტორი ჩუდეცკი, რომელსაც მანამდეც რამდენჯერმე სცემეს. მოსწავლეები უშვებდნენ საიდუმლო ხელნაწერ გაზეთს, პროკლამაციებს ა. შ. სემინარია საქართველოში ახალგაზრდობის რეცოლუციური მოძრაობის ცენტრად იქცა.

1893 წლის დეკემბერში ლ. კეცხოველის, მ. ცხაკაიასდა და ა. წულუკიძის მეთაურობით მოეწყო სემინარიელთა დიდი საპროტესტო დემონსტრაცია. მოსწავლეები მოითხოვდნენ სემინარიაში გამეფებული რეჟიმის აღკვეთას, ქართული ენის სწავლების აღდგენას, ქართული ენისა და ლიტერატურის კათედრის დაარსებას, კლასგარეშე ლიტერატურის თავისუფლად არჩევის უფლებას, შოვინისტი და დესპოტი მასწავლებლების დათხოვნას და სხვა. ჟანდარმერიამ დემონსტრაცია დაშალა. სემინარია დროებით დახურეს, 67 მოსწავლე სასწავლებლიდან გარიცხეს. არაერთგზის დაისვა სემინარიის ჩრდილოეთ კავკასიაში (სტავროპოლი, ეკატერინოდარი) გადატანის საკითხი, მაგრამ 1917 წლამდე (დახურვამდე) იგი თბილისში დარჩა.